好性會的組織分為會員大會、理事會、監事會、秘書長等工作人員與委員會及內部作業組織等單位。

一、會員大會：會員大會是好性會最高權力機構，每年召開一次定期會議。

二、理事會：由正式會員、學生會員、團體會員共同選舉9人為無給職理事，組成理事會，任期三年，至少每六個月各舉行會議一次。理事互選理事長一人，對內綜理督導會務，對外代表本會，並擔任會員大會、理事會主席，理事長的連任以一次為限。

第四屆（2016.7~）理事名單為：黃義筌（理事長）、趙書賢（常務理事）、江蘊生（常務理事）、陳瑀昕、黃鈺迪、高慈遠、廖述揚、陳柏屼、張倖綾

第三屆（2013.6~2016.7）理事名單為：王振圍（理事長）、黃義筌（常務理事）、國立屏東科技大學性別多元社（校園團體常務理事，社團代表：黃莨棋）、劉郁婷、劉安真、李翊平、陳柏屼、亞洲大學百性社（校園團體，社團代表：廖述揚）、國立成功大學TO．拉酷社（校園團體，社團代表：姚惠耀）

　　　　　　　　　紀品志、趙淑珠、劉安真、邱瓊慧、張博威（2008.10~2009.8）

卸任理事：陳俊儒（2007.8~2008.2）、陳柏屼（2007.8~2008.5）

卸任理事長：鄭祐欣（2007.8~2008.10)

三、監事會：由正式會員、學生會員、團體會員共同選舉3人為無給職監事，組成監事會，任期三年，至少每六個月各舉行會議一次。監事互選監事會召集人一人，監察日常會務，並擔任監事會主席。

第四屆（2016.7~）監事名單為：王振圍（常務監事）、陳俊儒、劉郁婷

第三屆（2013.6~2016.7）監事名單為：陳俊儒（常務監事）、何家維、國立中正大學酷斯拉（校園團體，社團代表：江蘊生）

第一屆（2007.9~2010.2）監事名單為：徐靖媛（監事會召集人）、陳鴻彬（2008.10~2009.8）、黃莉娟（2008.10~2009.8）

卸任監事：魏晨帆（2007.8~2008.9）、謝臥龍（2007.8~2008.10）

四、秘書處：

　　現任秘書長：規劃安排中　　

　　歷任秘書長：2012.9~2013.6 王振圍

　　　　　　　　2011.8~2012.9 許斐凱

　　　　　　　　2007.9~2011.8 王振圍

　　歷任副秘書長：2011.8~2013.6 劉郁婷

加入好性會成為會員　

　　認同好性會宗旨，對青少年、性別議題具熱忱，以投入文化、教育、推廣、學術研究的人，歡迎加入好性會。如果你符合以上條件，經兩名會員推薦，並擔任服務義工達40小時，請向秘書長填具入會申請書，經理事會通過，並繳納入會費200元及當年會費後，就正式成為好性會的正式會員囉！
　　好性會會員還分個人、團體二類：年滿二十歲者可登記為正式會員，年滿十五歲的全職學生可登記為學生會員，年滿十五歲未滿二十歲非全職學生者，可登記為青少年會員；公私機構或團體則可申請為團體會員。無論是個人會員或團體會員，都具有完整的會員權利。正式會員常年會費為新台幣二○○○元，終身會員二○○○○元，學生會員研究生新台幣七○○元、大專學生新台幣五○○元、高中職學生新台幣二五○元，青少年會員新台幣一二○○元，團體會員新台幣二○○○元。校園團體會員新台幣九九元，幹部參加好性會性／別領Show營者免繳下一年度常年會費。
　　另外經理事會推薦的青少年、性別議題具貢獻的個人或團體，則有機會成為好性會的榮譽會員喲！如果單純贊助好性會業務的團體或個人，或舉凡參與過好性會所舉辦的活動學員，都是好性會的贊助會員喲！榮譽會員和贊助會員不需要繳交社費，相對地，也沒有表決權、選舉權、被選舉權與罷免權等與正式會員相同權利。

個人會員入會申請

校園團體會員入會申請

會員組織

　　本會組織部門自2013年6月調整為7部門，1工作室。分別為：秘書部、社區發展部、教育與學術部（黃義筌）、校園社團部（黃莨棋）、網路諮詢部（劉郁婷）、遊戲部（冷莫凡）、花蓮發展部（李品君）、覺音青年性別工作室（圍圍、小鳳、咪咪）。